继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。

• 第2集

  消失之人

  凯莉·库柯,山姆·克拉弗林,马提亚斯·施维赫夫,嘉莲·维雅,西蒙·阿布卡瑞安,达尔·祖佐夫斯基,奥利维尔·萨

• 第22集

  生命树

  杨紫,胡歌,李光洁,张哲华,梅婷,袁弘,杨烁,周游,金巴,冯兵,更旦,苏鑫,宋楚炎,周放,周思羽,索朗旺姆,尕玛文加,才丁扎西

• 第40集

  太平年

  白宇,周雨彤,朱亚文,俞灏明,董勇,倪大红,保剑锋,郝平,蒋恺,尤勇智,张晓晨,刘畅,梅婷,于洋,张帆,吴昊宸,薛佳凝,海一天,赵子琪,尤靖茹,魏千翔,朱嘉琦,任宥纶,牛超,田雷,赫子铭,贾宏伟

• 第1集

  背叛

  肖恩·埃文斯,萝玛拉·嘉瑞,莎拉·艾哈迈迪,安东尼·弗拉纳根,妮基·阿姆卡-伯德,瓦·阿里,乔治娜·赖兰斯,吉恩-帕斯卡尔·海涅曼德,欧米德·吉亚李利,Aidan Rivers,Elham Karimpour,Maggie Livermore,Eliza-Marie Agrosoaie,甘巴·科尔,Adrian Dobson

• 第2集

  先哄后爱

  布·米帕迪 , 提迪瓦·立帕拉赛 , 吉兰塔宁·特拉塔那永 , 帕查差·司隶亚楠让 , 维拉育特·查苏克 , 普莱妮拉·希兰塔威形 , 吉拉提·彭马尼

• 第8集

  我有孩子了

  崔振赫 , 吴涟序 , 洪宗玄 , 金多顺

• 第15集

  相棒第24季

  水谷丰,寺胁康文,森口瑶子,铃木砂羽,川原和久,山中崇史,筱原友希子,山西惇,田中隆三,松嶋亮,神保悟志 ,小野了,片桐龙次,杉本哲太,仲间由纪惠,石坂浩二

• 第12集

  亲爱的盗贼大人

  南志铉,文相敏,河锡辰,崔元英,홍민기

• 第10集

  人生只租不卖

  黄河,林予晞,陈妍霏,王真琳,谢章颖,王品澔

• 第15集

  唐诡奇案

  张逸杰,管栎,侯呈玥

• 第13集

  伴君如伴舞

  吴海 , 林霖 , 郭婉冬 , 王晨旭 , 马丽亚 , 尤钲渲 , 肖淇心 , 应振南 , 周漾 , 汤维文 , 王梦琦 , 王子菡 , 林宸毅

• 第07集

  被隐匿的真相

  丁冠森 , 印小天 , 黄婷婷 , 郭品超 , 王宁 , 张晓谦 , 高戈 , 夏志卿 , 翟宇佳 , 宋梓侨 , 王宏 , 陈天明 , 刘梓涵 , 詹妮 , 苏茂洋